Typique des petits villages ruraux, Manikata avait sa propre petite église car la paroisse de Mellieha était trop éloignée pour répondre aux obligations religieuses de la communauté agricole. C’est vers le début du 20ème siècle, alors que la petite communauté continuait à s’agrandir, qu’il a été décidé de collecter des fonds pour construire une petite église.ㅤ L’église a été construite en 1920, et a été dédiée à St Joseph. Comme l’établissement rural de Manikata faisait partie de plusieurs autres paroisses, l’évêque de Malte de l’époque a confié l’église aux frères franciscains conventuels, qui étaient responsables de la paroisse de St Paul’s Bay, dont une partie de Manikata faisait partie. L’architecte de cette première église de Manikata n’est pas connu.

L’église est typique des petites églises rurales que l’on peut voir partout dans les îles. La façade a une porte centrale avec deux petites fenêtres de chaque côté pour que les dévots aient la possibilité de faire une prière même lorsque l’église est fermée pour les services. Une petite niche dans la partie supérieure de la façade abrite une statue en pierre de Saint Joseph tenant l’Enfant Jésus. En raison de l’augmentation constante de la population de Manikata, une église plus grande a été construite, ce qui a conduit à l’abandon de la première église.

Le village a été érigé en paroisse séparée en 1975. ㅤ