Situé dans le village de Mellieħa, le sanctuaire de Notre-Dame de Mellieħa est le plus ancien sanctuaire marial de Malte. Il s’agit d’une église catholique romaine, construite sur le site d’une grotte traditionnellement associée à la fondation du christianisme à Malte.

Le bâtiment actuel a été construit entre le XVIe et le XVIIIe siècle, et contient une partie de la grotte naturelle où l’église a été construite. Elle a été visitée par plusieurs personnalités au cours des siècles, dont des rois et vice-rois de Sicile, de grands hospitaliers, ainsi que le pape Jean-Paul II. Mentionnée dans un document de 1436 par l’évêque Senatore de Mello, elle est reconnue comme l’une des premières églises paroissiales de Malte.

Selon la tradition, la grotte était à l’origine un lieu de culte, mais elle est devenue un site chrétien après le naufrage de Saint Paul à Malte en 60 après JC. Saint Luc, qui accompagnait saint Paul, aurait peint une fresque représentant la Vierge Marie sur la grotte.

Depuis le XVIe siècle, l’église a cessé d’être une paroisse indépendante car elle a été absorbée par la paroisse de Naxxar. Pendant le grand siège de Malte, l’église aurait été visitée par Don García de Toledo, le chef de la force de secours qui a mis fin au siège.

En juillet 1614, l’église a été saccagée lors d’une attaque ottomane, et la fresque principale, ainsi que certaines statues ont été endommagées. Le Grand Maître Alof de Wignacourt aurait visité l’église régulièrement après l’attaque, et la dévotion au sanctuaire a par la suite augmenté.

L’église a été agrandie par un marchand de vin sicilien en 1644, puis de nouveau agrandie et embellie en 1747. Après s’être remis d’une maladie, le Grand Maître Ramón Perellós aurait également visité le sanctuaire.

Mellieħa a été rétablie comme paroisse en 1844, et une nouvelle église paroissiale dédiée à la Nativité de Marie a été construite à la fin du XIXe siècle. Un pèlerinage au sanctuaire a été effectué lors d’une épidémie de choléra en 1888, et un autre pèlerinage national a été organisé en 1949.Lors de sa visite à Malte, le pape Jean-Paul II a visité le sanctuaire et l’a béni en 1990.