Situado en el encantador pueblo de Mellieħa, el Santuario de Nuestra Señora de Mellieħa es el santuario mariano más antiguo de Malta, tratándose de una iglesia católica romana construida en el lugar de una vieja cueva que tradicionalmente se asociaba con el nacimiento de la religión del cristianismo en Malta. ㅤ

El edificio que conocemos en la actualidad se construyó entre los siglos XVI y XVIII y todavía conserva varias partes de la cueva natural donde se construyó la iglesia. La cual a su vez, ha tenido la suerte de ser visitada por varias personalidades de gran interés, entre ellas reyes y virreyes de Sicilia, algunos grandes hospitalarios, e incluso el ilustrísimo Papa de Roma Juan Pablo II. Además, dicha construcción también se menciona en un documento de 1436 redactado por el obispo Senatore de Mello, siendo reconocida como una de las primeras iglesias parroquiales de Malta.

Según cuenta la tradición, la cueva dónde se construyó esta iglesia era originalmente un lugar de culto, pero que se convirtió en un lugar cristiano tras el naufragio de San Pablo en Malta en el año 60 d.C. También se dice que San Lucas, que acompañaba a San Pablo, pintó en la cueva un fresco que representaba a la Virgen María, comenzado así el camino hacia la conversión al cristianismo de la isla.

Se calcula que desde el siglo XVI, la iglesia dejó de ser una parroquia independiente porque fue absorbida por la parroquia de Naxxar y que durante el gran asedio de Malta, la iglesia fue visitada por Don García de Toledo, el líder de la fuerza de socorro que puso fin al asedio. Por otro lado, en julio de 1614 la iglesia fue saqueada durante un ataque otomano, y tanto el fresco principal como algunas estatuas resultaron gravemente dañadas.

Si bien, se cree que el Gran Maestre Alof de Wignacourt visitó la iglesia con regularidad después de dicho ataque, y que dicha visita propició que la devoción al santuario aumentará paulatinamente en los años posteriores. Años más tarde, la iglesia fue ampliada por un comerciante de vino siciliano en 1644, y más tarde ampliada y embellecida en 1747.

También se dice que el Gran Maestre Ramón Perellós, tras recuperarse de una enfermedad, también visitó el santuario, aumentando así su popularidad y su leyenda. No fue hasta el año 1844 que Mellieħa fue restablecida como parroquia, y hasta finales del siglo XIX que se construyó una nueva iglesia parroquial dedicada a la Natividad de María como símbolo de que el cristianismo ya estaba totalmente establecido en la isla de Malta.

Más tarde, también se sabe que se realizaron dos peregrinaciones, una al santuario durante una epidemia de cólera en 1888, y otra peregrinación nacional en 1949. Por último, durante su visita a Malta, el Papa Juan Pablo II visitó el santuario y lo bendijo en 1990.