Das Heiligtum Unserer Lieben Frau von Mellieħa im Dorf Mellieħa ist das älteste marianische Heiligtum auf Malta. Es ist eine römisch-katholische Kirche, die an der Stelle einer Höhle errichtet wurde, die traditionell mit der Gründung des Christentums auf Malta in Verbindung gebracht wird.

Das heutige Gebäude wurde zwischen dem 16. und 18. Jahrhundert erbaut und enthält einen Teil der natürlichen Höhle, in der die Kirche errichtet wurde. Sie wurde im Laufe der Jahrhunderte von zahlreichen Persönlichkeiten besucht, darunter Könige und Vizekönige von Sizilien, einige große Gastwirte und auch Papst Johannes Paul II. Sie wird in einer Urkunde von 1436 von Bischof Senatore de Mello erwähnt und gilt als eine der ersten Pfarrkirchen Maltas.

Der Überlieferung nach war die Höhle ursprünglich ein Ort der Anbetung, wurde aber nach dem Schiffbruch des Heiligen Paulus auf Malta im Jahr 60 n. Chr. zu einer christlichen Stätte. Der Heilige Lukas, der den Heiligen Paulus begleitete, soll ein Fresko mit der Darstellung der Jungfrau Maria in der Höhle gemalt haben.

Seit dem 16. Jahrhundert ist die Kirche keine eigenständige Pfarrei mehr, da sie in der Pfarrei von Naxxar aufgegangen ist. Während der großen Belagerung von Malta soll die Kirche von Don García de Toledo besucht worden sein, dem Anführer der Befreiungstruppe, die die Belagerung beendete.

Im Juli 1614 wurde die Kirche während eines osmanischen Angriffs geplündert, wobei das Hauptfresko und einige Statuen beschädigt wurden. Großmeister Alof de Wignacourt soll die Kirche nach dem Angriff regelmäßig besucht haben, und die Verehrung des Heiligtums nahm daraufhin zu.

Die Kirche wurde 1644 von einem sizilianischen Weinhändler vergrößert und 1747 erneut vergrößert und verschönert. Nach seiner Genesung von einer Krankheit soll auch Großmeister Ramón Perellós das Heiligtum besucht haben.

Mellieħa wurde 1844 als Pfarrei wiedererrichtet, und Ende des 19. Jahrhunderts wurde eine neue, der Geburt Mariens geweihte Pfarrkirche gebaut. Während einer Choleraepidemie im Jahr 1888 wurde eine Wallfahrt zum Heiligtum unternommen, und 1949 wurde eine weitere nationale Wallfahrt organisiert. 1990 besuchte Papst Johannes Paul II. während seines Besuchs auf Malta das Heiligtum und segnete es.