El 10 de junio de 1940, Mussolini declaró la guerra a los Aliados. Menos de 12 horas después, Malta sufrió su primer ataque aéreo. Las principales áreas atacadas fueron las zonas portuarias alrededor de La Valeta y las Tres Ciudades. Esto llevó a un gran número de personas a abandonar sus hogares y buscar refugio lo más lejos posible de la zona del puerto. Un buen número de estos refugiados llegó a Mellieha. Con la intensificación de los ataques aéreos, las autoridades decidieron empezar a cavar refugios excavados en la roca para proporcionar un refugio mejor y más seguro a todos. Los particulares también empezaron a cavar refugios excavados en la roca.

Los refugios excavados en la roca de Mellieha están considerados entre los más grandes que se excavaron en Malta durante aquellos turbulentos años. Cuentan con más de 500 metros de pasillos y habitaciones excavados. Destinados a dar cobijo a familias enteras, los refugios estaban formados por pasadizos, con habitaciones de distintos tamaños en los laterales. Algunas de estas habitaciones atendían a las familias, y también había una sección de maternidad. Otra sala estaba bien vigilada, ya que en ella se guardaban los tesoros nacionales. Los refugios tenían más de una entrada y una salida, para asegurarse de que, en caso de que se bloqueara una entrada, siempre habría una salida para las personas que estuvieran dentro.